Nguồn gốc của người Kyrgyz từ người Siberia bản địa đã được xác nhận bởi các nghiên cứu di truyền.[7] Đáng chú ý, 63% nam giới người Kyrgyz ngày nay có cùng nhóm đơn bội R1a1 (Y-ADN) với người Tajik (64%), người Ukraina (54%), người Ba Lan (~ 60%), người Hungary (30%) và thậm chí là người Iceland (25%). Tính kém đa dạng của chỉ số R1a1 của người Kyrgyz chỉ ra một hiệu ứng sáng lập/ hiệu ứng điện cơ giải trong thời kỳ lịch sử.[8] Haplogroup R1a1 (Y-ADN) thường được cho là một dấu hiệu của những dân tộc thuộc nhóm ngôn ngữ Ấn-Âu cổ[9]. Bởi các quá trình di cư, chinh phục, ngoại hôn, và đồng hóa, nhiều người dân Kyrgyz hiện đang sinh sống ở Trung và Tây Nam Á có nguồn gốc hỗn hợp, thường xuất phát từ nhiều bộ lạc khác nhau, mặc dù họ nói cùng ngôn ngữ. Toàn bộ dân số dân tộc Kyrgyz hiện nay vẫn cho rằng: dân tộc mình mang dòng máu đặc trưng của đại chủng Á.